
ทันใดนั้น ชายในชุดคลุมลึกลับก็ถูกพบเห็นที่ศาลเจ้าใต้ดิน โดยหนึ่งในบอดี้การ์ดของ Kaiba บอกเขาว่าเขามาช้ากว่ากำหนดและเร่งดำเนินการให้เร็วขึ้น หกเดือนหลังจากการจากไปของฟาโรห์ (หนึ่งปีในเสียงพากย์) ยูกิ มูโตะ และเพื่อนสนิทของเขากำลังเตรียมที่จะจบการศึกษาจากโรงเรียนมัธยมโดมิโน และกำลังพูดถึงสิ่งที่พวกเขาจะทำในอนาคต.. ในขณะเดียวกัน เซโตะ ไคบะ ได้มอบหมายให้ขุดค้น เพื่อนำ Millennium Puzzle ที่แยกชิ้นส่วนออกจากซากปรักหักพังของห้อง Millennium ไอเท็มนี้ก่อนหน้านี้มีจิตวิญญาณของฟาโรห์ อาเทม คู่แข่งเก่าแก่ของเขา ซึ่งเขาหวังว่าจะ “ฟื้นคืนชีวิต” เพื่อชำระคะแนนเก่าของพวกเขา การขุดถูกขัดจังหวะโดย Diva ซึ่งเผชิญหน้ากับ Kaiba ในเกม Duel Monsters และขโมยปริศนาที่กู้คืนมาได้สองชิ้น เขาเก็บชิ้นส่วนหนึ่งและมอบอีกชิ้นหนึ่งให้กับเซระน้องสาวของเขาซึ่งส่งต่อให้ยูกิ มูโตเนื่องจากเขาเป็นคนเดียวที่สามารถประกอบปริศนาได้อีกครั้ง ซึ่งเป็นเวอร์ชันทางเลือกของฟาโรห์อาเทมในยุคปัจจุบัน Diva ภายใต้ นามแฝง “ไองามิ” สร้าง “มิตรภาพ” กับยูกิและเพื่อนๆ คนอื่นๆ ของเขา เมื่อ
ยูกิ เทีย การ์ดเนอร์ และทริสตัน เทย์เลอร์พบ “ไองามิ” ไองามิก็เผยตัวว่าเป็นดีว่า และแผนการของเขาที่จะกำจัดบาคุระและยูกิ ขณะที่ Diva เกือบจะสลายตัวทั้งสามไปสู่อีกมิติหนึ่ง โจอี้ก็กลับมายังโลกแห่งความเป็นจริงโดยไม่รู้ตัว ด้วยความช่วยเหลือจากฟาโรห์ อาเทม.. ไคบะมีคอมพิวเตอร์ที่สร้างปริศนามิลเลนเนียมขึ้นใหม่และพบว่าสองชิ้นสุดท้ายหายไป เขาลักพาตัว Diva และเข้าใกล้ Yugi เพื่อให้เขาสามารถให้ทั้งสองคนมีส่วนร่วมในการจัดแสดงเทคโนโลยีเสมือนจริง Duel Disk ที่อัปเดตของเขา อย่างไรก็ตาม ยูกิโกรธดีว่าต่อสิ่งที่บาคุระทำกับบาคุระและยืนกรานว่าเขาจะดวลเขาแทน ซึ่งไคบะตกลงที่จะ.. ยูกิเอาชนะดีว่า ส่งผลให้บาคุระกลับคืนสู่ความเป็นจริง และในขณะที่ต่อสู้กับไคบะ ยูกิก็เข้าสู่สหัสวรรษอีกครั้ง จิ๊กซอว์เพื่อแสดงให้เห็นว่าจิตวิญญาณของ Atem ไม่อยู่ในนั้นแล้ว เรื่องราวจบลงด้วยยูกิและผองเพื่อนที่จบการศึกษา