
โธมัส นิวท์ และฟรายแพน คือ “เกลเดอร์” คนสุดท้ายที่ปลอดจากไวรัสแฟลร์ที่ทำลายล้างประชากรโลก พวกเขาและกลุ่มต่อต้านแขนขวาดำเนินการและดึงภูมิคุ้มกันอื่นๆ จากตู้รถไฟที่ดำเนินการโดย WCKD ซึ่งเป็นองค์กรที่รับผิดชอบในการจับและทดลองเด็กที่มีภูมิคุ้มกัน พวกเขาค้นพบว่ามินโฮ เพื่อนชาวทุ่งที่เหลืออยู่ซึ่ง WCKD จับได้ อยู่บนตู้รถไฟขบวนอื่น ซึ่งมุ่งหน้าไปยัง “เมืองสุดท้าย” ซึ่งเป็นฐานปฏิบัติการของ WCKD ขัดคำสั่งของวินซ์ ผู้นำของ Right Arm ทั้งสามคนออกจากค่ายเพื่อช่วยมินโฮ ซึ่งถูก WCKD ทรมานโดยหวังว่าจะพัฒนาวิธีรักษาไวรัส มุ่งหน้าสู่เมืองสุดท้าย กลุ่มนี้ถูกโจมตีโดย Cranks มนุษย์ที่ติดเชื้อ Flare กลุ่มนี้ไปถึงกำแพงเมืองสุดท้ายซึ่งปกป้องเมืองจากข้อเหวี่ยง นอกกำแพง ประชาชนชุมนุมประท้วงให้เข้าเมือง เมื่อ WCKD เปิดฉากยิงใส่ผู้ประท้วง กลุ่มนี้ถูกจับและพาไปที่ที่หลบภัยโดยลูกเรือที่สวมหน้ากากป้องกันแก๊สพิษ แกลลีพาพวกเขาไปดูลอว์เรนซ์ ผู้นำกลุ่มกบฎสำหรับผู้ที่อยู่นอกกำแพงที่ช่วยและดูแลแกลลี่ให้หายดี ผู้ช่วยโธมัส นิวท์ และแกลลี่เข้าไปในเมืองสุดท้ายผ่านทางเข้าลับ กัลลีนำโธมัสและนิวท์เข้าไปในเมือง และเมื่อพบเทเรซาก็บอกโธมัสว่าเขาสามารถพาพวกเขาไปที่สำนักงานใหญ่ของ WCKD ได้ โทมัส นิวท์ และแกลลี่ปลอมตัวเป็นทหาร WCKD คุ้มกันเทเรซาภายในสำนักงานใหญ่ของ WCKD และไปยังที่ตั้งของภูมิคุ้มกัน Gally ดูแลเด็กภูมิคุ้มกันและคอยค้นหาเซรั่มที่ชะลอการเกิด Flare โธมัส เทเรซา และนิวท์ไปตามหามินโฮ แต่ถูกแจนสันค้นพบและไล่ตาม
เทเรซาปล่อยให้พวกเขาหนีไปหามินโฮก่อนจะรีบไปตรวจเลือดของโทมัส ซึ่งเธอได้รับเมื่อนำเครื่องติดตามออกจากทุ่ง หลังจากส่งเด็กภูมิคุ้มกันและเซรั่มให้เบรนดา แกลลี่ก็กลับไปที่สำนักงานใหญ่ของ WCKD เพื่อตามหาโธมัส โธมัสและนิวท์รวมตัวกับมินโฮในฝ่ายการแพทย์ เทเรซาพบว่าเลือดของโธมัสสามารถรักษาเปลวไฟได้ เธอเล่าถึงการค้นพบของเธอกับเอวา เพจ ผู้นำของ WCKD ซึ่งทั้งคู่ต่างเห็นพ้องต้องกันว่าต้องตามหาโธมัส เบรนดาและเด็กๆ ภูมิคุ้มกันหนี WCKD ด้วยความช่วยเหลือของฟรายแพน ในขณะเดียวกัน ลอว์เรนซ์ก็ระดมกำลังพวกกบฏนอกเมืองก่อนจะเจาะรูในกำแพงเมืองและเสียสละตัวเองเพื่อให้พันธมิตรและผู้ติดเชื้อบุกเข้าเมือง แกลลี่ช่วยชีวิตโธมัส นิวท์ และมินโฮจากทหาร WCKD ขณะที่มินโฮและแกลลี่ไปเอาเซรั่มจากเบรนด้า โธมัสได้จี้จากนิวท์ก่อนที่นิวท์จะสลบไป เทเรซาส่งเสียงของเธอไปทั่วเมืองและบอกโธมัสว่าเลือดของเขาสามารถช่วยนิวท์ได้ ถ้าเขาจะกลับมาที่ WCKD นิวท์ซึ่งเกือบถูกเปลวเพลิงกลืนกิน ฟื้นคืนสติ โจมตีโทมัส และขอร้องโทมัสให้ฆ่าเขา เมื่อโธมัสปฏิเสธ นิวท์ก็ไม่มีทางเลือกอื่น แทงตัวเองเข้าที่หน้าอก โธมัสกลับมาที่โรงงานของ WCKD และเผชิญหน้ากับเพจ ขณะที่เธอคุยกับเขา แจนสันเมื่อจับเปลวไฟได้ ฆ่าเธอและใช้ยาระงับประสาทกับโธมัส เทเรซากำจัดเลือดบางส่วนของเขาได้สำเร็จ เธอได้ยินมาว่าแจนสันสนใจแต่การรักษาตัวเองและคนอื่นๆ ที่เขาเห็นว่ามีค่าควรเท่านั้น การต่อสู้สิ้นสุดลงเมื่อโธมัสปล่อยแครงก์สองตัวที่ฆ่าแจนสัน โธมัสปีนขึ้นไปบนเรือ แต่เทเรซาเสียชีวิตเมื่อชานชาลาเปิดทางขณะที่อาคารถ้ำเข้ามา กลุ่มรวมตัวกับภูมิคุ้มกันที่เหลือและแขนขวา และหลบหนีไปยังที่หลบภัย ที่ซึ่งประชากรที่เหลือสามารถอยู่ได้อย่างปลอดภัย ที่นั่น โธมัสพบว่าจี้ที่นิวท์ให้เขามีข้อความอยู่ในนั้น ยังคงชอกช้ำจากการเสียชีวิตของเพื่อน ๆ เขาอ่านข้อความที่นิวท์บอกให้เขาดูแลทุกคนก่อนที่เขาจะขอบคุณโทมัสที่เป็นเพื่อนของเขา Maze Runner The Death Cure